Чтобы выполнить перенос сертификатов из реестра, откройте КриптоПРО, вкладка «Сервис», нажимаем кнопку «Сервис», далее через кнопку «Обзор», откройте «Выбор ключевого контейнера» и укажите, какой сертификат вы будите переносить.

Нажимаем «Далее», вас попросят задать новое имя контейнера с закрытым ключом, введите понятное для себя, для удобства.

У вас откроется окно с выбором носителей, вы можете выбрать либо токен, либо флешку для переноса на другое место. У меня это внешний жесткий диск Z:\.

Задаем обязательно пароль, с точки зрения безопасности, так как файлы в таком виде просто скомпрометировать.

Все, на выходе я получил папку со случайным названием и набором ключей в формате key.